Em agosto de 1978, sucedendo a morte do Papa Paulo VI, o Cardeal Wojtyła votou no Conclave Papal que elegeu o Papa João Paulo I, que tinha 65 anos na época, considerado um Papa jovem. Porém, após 33 dias de pontificado, João Paulo I faleceu, precipitando assim a realização de novo conclave. Iniciando-se em 14 de outubro desse ano, o novo conclave tinha como favoritos para Papa dois italianos, o Arcebispo de Gênova, Cardeal Giuseppe Siri, e o Arcebispo de Florença, Cardeal Giovanni Benelli. O nome do Cardeal Wojtyła foi uma indicação do Arcebispo de Viena, Cardeal Franz König.
O Cardeal Wojtyła foi eleito com 99 dos 111 votos em 16 de outubro de 1978. Foi o primeiro Papa polonês da História, o primeiro não italiano desde 1522 e o mais jovem (58 anos) desde 1846. Adotou o nome João Paulo II em homenagem a seu antecessor. Quebrou a tradição ao aparecer para o público no balcão logo após sua eleição. Como seu antecessor, dispensou a coroação papal formal. Sua entronização solene no ministério petrino foi em 22 de outubro de 1978 e seu pontificado foi um dos mais longos de que se tem notícia, durando quase 27 anos.
Tendo-se formado num contexto diferente dos Papas anteriores, João Paulo II viria a imprimir na Igreja um novo dinamismo, impondo ao mesmo tempo um maior rigor teológico e disciplinar.
O Papa que veio do Leste recebeu uma Igreja cujo governo atravessava certa crise, presa na tensão entre os avanços do Concílio Vaticano II e a perda de identidade perante a modernidade. Desde o início, João Paulo II pediu “Não tenhais medo” e falou na primeira pessoa do singular em vez do plural: essa afirmação de identidade veio acompanhada de uma experiência histórica notável, atravessando uma guerra mundial e a vivência sob um regime comunista, que falou ao coração de milhões de pessoas.